Op het atheneum (vwo, voorbereidend wetenschappelijk onderwijs) van het Sint-Maartenscollege komen de leerlingen in de regel uit de brugklas havo/atheneum. Anders dan bij het gymnasium, wordt op het atheneum geen Latijn of Grieks gegeven. De coördinator van 2 en 3 vwo is heer drs. V.M. Deegens, de coördinator van 4, 5 en 6 vwo is de heer J. Mud en de decaan vwo is mevrouw M. Palmeira. De afdelingsleider vwo is de heer drs. A. Mens. Hij is verantwoordelijk voor de hele vwo-afdeling

In 2 en 3 vwo (onderbouw) volgen de leerlingen nog alle vakken. Aan het eind van de derde klas kiezen de leerlingen voor een profiel (Cultuur en Maatschappij, Economie en Maatschappij, Natuur en Gezondheid en Natuur en Techniek) in het beroepsstageproject. In het vrije deel (keuzevakken) kunnen de leerlingen kiezen uit beeldende vorming, informatica, wiskunde D en bedrijfseconomie. Aan het begin van de bovenbouw vwo (4, 5 en 6 vwo) gaan de leerlingen op internationalisering (uitwisseling met andere scholen). In 5 vwo gaan alle leerlingen op buitenlandse reis (Barcelona, Polen, Parijs, Riglos; sportreis in de Pyreneeën, Rome of Nederland). 

In het examenjaar staat alles uiteraard in het teken van het (school)examen. Daarnaast moeten de leerlingen in duo's een profielwerkstuk maken en kiezen de leerlingen, met hulp van de decaan, een vervolgstudie.