Op de havo (hoger algemeen voortgezet onderwijs) van het Sint-Maartenscollege komen de leerlingen in de regel uit de brugklas havo/atheneum. Ook stroomt ongeveer 30% door uit de brugklas mavo/havo naar 2 havo. De coördinator 2 en 3 havo is mevrouw H.M. van Loon. Coördinator 4 en 5 havo is mevrouw M Kuijpers-Van Slobbe, de decaan is mevrouw I. Vismans en de afdelingsleider havo is de heer P. Pieterse. Hij is verantwoordelijk voor de hele havo-afdeling.

In 2 en 3 havo (onderbouw) volgen de leerlingen nog alle vakken. Aan het eind van de derde klas kiezen de leerlingen voor een profiel (Cultuur en Maatschappij, Economie en Maatschappij, Natuur en Gezondheid en Natuur en Techniek) in het beroepsstageproject. In het vrije deel (keuzevakken) kunnen de leerlingen kiezen uit o.a. tekenen, muziek, informatica en bedrijfseconomie. 

Aan het begin van de bovenbouw havo (4 en 5 havo) volgen de leerlingen een havo-wenmiddag. In 4 havo gaan alle leerlingen op studiereis (Barcelona, Riglos; sportreis in de Pyreneeën, Parijs, Polen, Rome of bestemmingen in Nederland). In het examenjaar staat alles uiteraard in het teken van het (school)examen. Daarnaast moeten de leerlingen in duo's een profielwerkstuk maken en oriënteren de leerlingen zich, onder leiding van de decaan, op een vervolgstudie. Het Sint-Maartenscollege heeft goede contacten met alle hogescholen in de regio. Leerlingen op het Sint-Maartenscollege krijgen alle kansen om ook door te stromen naar 5 vwo, door het volgen van een extra vak, doorstroomprogramma's en een vaste doorstroommentor bij het proces.